Rhyddhau Genomeg Modern ar gyfer Gwyliadwriaeth Iechyd Cyhoeddus Manwl o Cryptosporidium
Nod y prosiect hwn yw gwella'r ffordd yr ydym yn delio â Cryptosporidium mewn cyd-destun iechyd cyhoeddus.
Er mwyn cyflawni hyn, byddaf yn:
- Gwella cynnyrch DNA o samplau clinigol Cryptosporidium, gan arwain at ddata dilyniannu o ansawdd uwch.
- Datblygu set o offer biowybodol y gellir eu defnyddio i gynnal ymchwiliad epidemiolegol cydraniad uchel modern a dadansoddiad ffylogenomig o samplau Cryptosporidium sy'n mynd trwy Uned Gyfeirio Cryptosporidium y DU, a gynhelir gan Iechyd Cyhoeddus Cymru.
- Datblygu cynllun teipio genom cyfan, rheng flaen, gan ddefnyddio set o amrywiadau niwcleotid sengl hynod wahaniaethol, y gellir eu defnyddio i ddiffinio a gwahaniaethu rhwng poblogaethau o Cryptosporidium sy'n bwysig yn glinigol.
- Defnyddio'r amrywiadau niwcleotid sengl hyn i ymchwilio i strwythur poblogaeth Cryptosporidium, a'r gwahaniaeth mewn ailgyfuno rhwng samplau clinigol sydd o achosion ac o ddigwyddiad nad ydynt yn achosion, ac o ganlyniad yn gwella ein dealltwriaeth o ffactorau biolegol sy'n arwain at achosion o Cryptosporidium.
Mae pob un o'r nodau hyn yn hanfodol i wella dealltwriaeth o strwythur poblogaeth, epidemioleg, a deinameg trosglwyddo Cryptosporidium. Gyda chydweithwyr yn Uned Cyfeirio Cryptosporidium Iechyd Cyhoeddus Cymru a’r Uned Genomeg Pathogen (CRU a PenGU yn y drefn honno), byddaf yn gweithredu’r protocolau labordy gwlyb a ddatblygwyd i ymdrin â samplau cynnyrch DNA isel o Cryptosporidium, y feddalwedd biowybodeg sydd ei hangen i reoli storio data sampl a chynnal ymchwilio epidemiolegol, a'r cynllun teipio newydd. Ar hyn o bryd mae gan PenGU a'r CRU brosesau safonol ar gyfer echdynnu samplau a dilyniannu sy'n cael eu hachredu gan ISO. Bydd fy ngwaith yn adeiladu ar y rhain i optimeiddio a dilysu'r rhain ymhellach ar gyfer dilyniannu Cryptosporidium. Mae hyn yn golygu, er bod y gwaith yn newydd ac arwyddocaol, mae'n adeiladu ar arbenigedd a phrosesau presennol, gan leihau'r risg nad yw elfennau'n gweithio. Byddaf yn defnyddio’r protocol paratoi samplau datblygedig i gyfoethogi a dilyniannu’r DNA genomig o samplau Cryptosporidium hanesyddol a chyfoes sy’n mynd drwy’r CRU i gynhyrchu 80 set data NGS Cryptosporidium clinigol newydd. Bydd hyn yn cynrychioli un o'r cyfraniadau unigol mwyaf a wnaed erioed i gronfa ddata fyd-eang data genomig clinigol Cryptosporidium.
Damcaniaethau Allweddol: Ochr yn ochr â nodau'r prosiect, byddaf yn archwilio dau ragdybiaeth allweddol yn ystod y prosiect hwn:
- Mae teipio trwy holi am amryffurfedd niwcleotid unigol drwy'r genom Cryptosporidium yn fwy addysgiadol na pharadeimau genoteipio confensiynol sengl ac aml-locws.
- Mae digwyddiadau ailgyfuno yn ystod achosion o Cryptosporidium yn digwydd ar gyfradd gyflymach nag yn ystod digwyddiad nad yw'n achos.
Mae'r gwaith a gynigiwyd yn y prosiect hwn wedi'i ddatblygu mewn cydweithrediad â dwy uned o Iechyd Cyhoeddus Cymru (y CRU a PenGU) i fynd i'r afael â'r heriau parth-benodol a gyflwynir wrth osod ymateb iechyd cyhoeddus i Cryptosporidium yng Nghymru yn benodol, ond hefyd yn y DU ehangach ac yn fyd-eang.
Mae gan y CRU rôl ledled y DU o ran nodweddu Cryptosporidium, ac felly bydd manteision y prosiect hwn yn cael eu teimlo ledled y DU, yn ogystal ag o bosibl yn sail ar gyfer denu buddsoddiad i Gymru. Y prosiect hwn fydd y cam cyntaf i ddefnyddio genomeg ar gyfer atal Cryptosporidium amser real gan asiantaeth iechyd cyhoeddus. Bydd hefyd yn gweithredu fel glasbrint ar gyfer trin llawer o bathogenau ewcaryotig eraill sy'n wynebu problemau parth penodol tebyg, fel Cyclospora a Toxoplasma.